机械电子工程系是澳门新浦京办学主体部分（原江苏理工大学）前身——镇江农业澳门新浦京在1960年创办之初设置的三个专业发展而来，是目前澳门新浦京工科特色的支撑学科系之一。机械电子工程系立足江苏，面向全国，拥有江苏省首批特色专业——机械电子工程本科专业；所在机械工程一级学科具有博士学位授权点和博士后流动站，设有江苏省机械工程产学研联合培养示范基地、江苏省机械工程实验教学示范中心。

　　机械电子工程学科具有博士学位授予权。在微/纳机电系统、流体传动与控制、机电系统的驱动与控制、跨尺度设计制造与微电子集成技术等多个方面形成了鲜明的特色和独特的优势。完成国家自然科学基金、863项目、国防科技预研计划、省部级科研项目、横向合作等课题100余项。获国家、省部级科技进步奖20余项。获国家教学成果二等奖1项，出版学术专著、教材20余部。发表论文900余篇，其中SCI、EI检索500余篇，申请发明专利100余件。目前承担国家自然科学基金、863项目等课题30余项，经费 1000万元；在液压与气动控制技术、数控机床技术方面开展了广泛的横向合作科研工作，在机电行业中构建了较高的知名度。

　　近年来，机械电子工程系广泛开展了国际交流，与欧美多所世界知名高校教授建立了学术互访交流及合作关系；派遣了一定数量的全奖研究生到欧美大学开展研究工作；多名教师应邀出任国际重要学术机构及相关国际学术大会的重要学术职务，本系创办主编、英国主办、瑞士出版的机械电子工程类国际知名期刊“Int. J. of Materials and Structural Integrity”编辑部挂靠在机械电子工程系，编辑学术团队包含欧美国家科学院、工程院院士等国际一流科学家组成。

　　20多年来机械电子工程系在人才培养方面取得了显著成绩，为全国机电行业培养了学士、硕士、博士1300余名。获全国优秀博士论文提名奖，江苏省优秀博士、硕士论文奖、全国大员工 “挑战杯”特等奖、本科生科技创新大赛奖等10余项。近三年，推荐派遣到荷兰、美国、加拿大等全奖研究生4名、推荐一名博士成功获得北美研究型大学教职。